Kini bermulalah fasa kedua revolusi Iran yang turut dikenali sebagai Revolusi Islam. Ketika zaman pemerintahan Shah, kesemua kumpulan revolusi yang terdiri daripada golongan agama, liberal, sekular, Marxist dan Komunis bergabung untuk menentang Shah Mohammad. Tetapi kini, setelah beliau ditumpaskan, ikatan ini dibubarkan.

Setiap kumpulan revolusi ini bersaing untuk pengaruh dan juga mempunyai intepretasi yang berbeza mengenai negara Iran yang dibentuk. Ketika tahun pertama revolusi, terdapat dua kuasa yang memerintah Iran iaitu kerajaan rasmi Iran dan kerajaan revolusi. Mehdi Bazargan, Perdana Menteri Iran yang dilantik oleh Khomeini (dari kumpulan revolusi) memperkenalkan sebuah kerajaan demokratik baru. Pada masa yang sama, dalam kerajaan Iran, Khomeini menubuhkan Majlis Revolusi yang ahlinya terdiri daripada para ulama yang menyokong beliau. Majlis ini semakin lama menjadi semakin berkuasa dalam kerajaan Iran sehinggakan kesemua keputusan kerajaan Iran ditentukan oleh badan ini.

Pada bulan Jun, Gerakan Kebebasan membentuk sebuah draf perlembagaan yang menjadikan Iran sebuah Republik Islam. Draf ini turut merangkumi Majlis Pelindung yang mempunyai kuasa veto mengenai undang-undang bukan Islam.[33] Walaupun begitu, Ayatollah Khomeini menolak draf ini dengan alasan bahawa kerajaan baru ini haruslah berdasarkan "100% undang-undang Islam".

Oleh itu, sebuah perlembagaan baru dibentuk oleh Majlis Pakar yang membentuk jawatan Pemimpin Agung untuk Khomeini. Kuasa Pemimpin Agung mengikut perlembagaan ini meliputi kuasa ketenteraan dan keselamatan, dan juga kuasa veto untuk calon politik. Turut dibentuk ialah jawatan Presiden. Kuasa presiden pula kurang meluas berbanding dengan Pemimpin Agung dan beliau akan dilantik melalui pilihan raya umum yang diadakan setiap empat tahun sekali. Perdana Menteri Mehdi tidak bersetuju dengan perlembagaan baru ini kerana kekuasaan presiden yang terbatas, lalu beliau meletak jawatan.